Το Αμάρι είναι κτισμένο σε απάνεμη τοποθεσία στους πρόποδες του βουνού Σάμιτος, σε υψόμετρο 460 μέτρων και απέχει 40 χιλιόμετρα από την πόλη του Ρεθύμνου. Στα 2 χλμ. θα συναντήσετε τη εκκλησία της Κερά Παναγιάς, σε μία κατάφυτη από ελιές περιοχή, ενώ στα 4 χλμ. βρίσκεται η Μονή Ασωμάτων, αφιερωμένη στους Ταξιάρχες.
Από το Αμάρι πηγάζει ο Πλατύς ή Αμαριανός Ποταμός που εκβάλει στην Αγία Γαλήνη, ενώ φιλοξενεί ένα από τα μεγαλύτερα φράγματα της Κρήτης, το φράγμα των Ποταμών. Στο κέντρο του χωριού, στο σημείο όπου βρισκόταν παλιότερα βενετικό κάστρο, υπάρχει πέτρινο καμπαναριό. Στα Αμάρι βρίσκονται αρκετές ιστορικές εκκλησίες όπως της Αγίας Άννας, που χρονολογείται γύρω στο 1196, του Αγίου Θεοδώρου με τοιχογραφίες του 16ου αιώνα και των Αγίων Αναργύρων (15ος αιώνας).