Πήρε το όνομά της σύμφωνα με την παράδοση από το «κανάλι» που ανασύρθηκε όταν ψαράδες σήκωσαν τα δίχτυα τους, ανάμεσα στην Κύθνο και την Σέριφο.
Η εκκλησία της Παναγιάς της Κανάλας είναι από τους σημαντικότερους χώρους προσκυνήματος στις Κυκλάδες καθώς εκεί φυλάσσεται η ομώνυμη εικόνα της Παναγίας η οποία σύμφωνα με την παράδοση βρέθηκε από τους ψαράδες στο στενό –στο κανάλι- ανάμεσα στην Κύθνο και τη Σέριφο. Το έτος 1869 η εκκλησία κατεδαφίστηκε και αναδομήθηκε μέχρι που πήρε τη τελική μορφή έως και σήμερα. Η εικόνα της Παναγίας της Κανάλας είναι έργο του αγιογράφου Εμμανουήλ Σκορδίλη. Κάθε Δεκαπενταύγουστο στον οικισμό πραγματοποιούνται εορτασμοί που περιλαμβάνουν την περιφορά και την αναπαράσταση της εύρεσης της εικόνας της Παναγίας.
