Το μεγαλύτερο μέρος του οικισμού είναι υπόσκαφο: οι κάτοικοι του χωριού έσκαψαν τις κατοικίες τους στα τοιχώματα μιας χαράδρας μήκους πέντε χιλιομέτρων, κάτι που διευκολύνθηκε από το ηφαιστειακό υπέδαφος. Η ονομασία του χωριού προέρχεται από αυτή τη χαράδρα.
Στο Βόθωνα υπάρχει και το υπόσκαφο Μουσείο Οίνου, σε σχήμα λαβυρίνθου, το οποίο παρουσιάζει την ιστορία του κρασιού και των ντόπιων αμπελουργών της Σαντορίνης από το 1660 έως το 1970. Στη χαμηλότερη είσοδο του χωριού βρίσκεται το παρεκκλήσι του Αγίου Ρούσσου, χτισμένο σε βράχο από ελαφρόπετρα. Στο Βόθωνα υπάρχουν αρκετές εκκλησίες, αλλά το ωραιότερο εκκλησάκι βρίσκεται εκτός οικισμού. Ονομάζεται Παναγία Τρύπα, ή Παναγία Σέργενα, είναι λαξευμένο σε ψηλό ηφαιστειογενή βράχο (άσπα). Τη χρησιμοποιούσαν οι κάτοικοι ως καταφύγιο την εποχή της Τουρκοκρατίας. Θα πρέπει να οφείλει την ονομασία Παναγία Τρύπα σ’ ένα μικρό και δυσδιάκριτο παράθυρο που έχουν φτιάξει: Εξωτερικά μοιάζει με τρύπα διαμέτρου 1 μ., από την οποία με ελικοειδές μονοπάτι σκαμμένο μέσα στην άσπα φτάνει μέχρι το εσωτερικό.
