Βρίσκεται 3 ναυτικά μίλια νότια του ακρωτηρίου Γουδερό. Διοικητικά ανήκει στην Περιφερειακή Ενότητα Λασιθίου και ειδικότερα στη δημοτική ενότητα διαμέρισμα της Αγίας Τριάδος του Δήμου Σητείας. Η κύρια ασχολία παλαιότερα των κατοίκων της ήταν η σπογγαλιεία.
Το Κουφονήσι το χωρίζει μια στενή λουρίδα θάλασσας από την υπόλοιπη Κρήτη. Είναι ένα από τα πέντε νησιά (Μακρουλό, Στρογγυλό, Τράχηλα και Μάρμαρα) που απαρτίζουν μια έρημη συστάδα γης μες στο πέλαγος και μαζί με τη Γαύδο και τη Χρυσή αποτελούν τα νοτιότερα τμήματα της Ελλάδας.
Στο νησάκι υπάρχουν πολύ ωραίες αμμουδερές παραλίες και το μεγαλύτερο μέρος του είναι σκεπασμένο με λεπτή άμμο. Το τοπίο δεν διαφέρει πολύ από μια αφρικανική έρημο. Είναι εύκολο να περιηγηθεί κάποιος στο νησί, καθώς η μέγιστη απόσταση δεν ξεπερνά τη μια ώρα περπάτημα. Ωστόσο θα χρειαστεί να έχει μαζί του, πόσιμο νερό και τα απαραίτητα εφόδια για μια μέρα, σε ένα μέρος ζεστό, χωρίς σκιά και υποδομές.
